安妮特的离去给歌德造成了巨大的打击,使得他在很长时间里都深陷在恋爱失败的痛苦之中无法自拔,甚至用种种愚妄的方式对自己的肉体进行摧残。内心的痛苦和肉体的折磨让歌德的身体健康每况愈下,变得体弱多病。1768年的一个夏夜,歌德觉得胸口疼痛憋闷,随即吐出了一大口鲜血。他用最后的力气叫醒了共处一室的同学,他们请来大夫为歌德医治,却并未能查明病因。
接下来的几天时间里,歌德承受着生理和心理上的双重折磨,变得疲惫而虚弱,他的生活起居全靠朋友们的照顾。几周之后,歌德的病情稍有好转,便决定离开莱比锡回家乡法兰克福去。在校生病期间,歌德一直没有将自己的真实情况告诉父母,当他拖着疲惫、瘦弱的身躯踏入家门之时,着实把家人吓了一跳。
母亲无法想象儿子遭受了什么样的痛苦,她抚摸着歌德的脸,眼泪止不住地流下来;父亲看到儿子落魄潦倒的样子,为他没能衣锦还乡而大为恼火,却又因为担心儿子的身体而强压怒火,只盼着他能早日好起来再续学业;歌德的妹妹自愿担当哥哥的看护人,细心照顾他的生活起居。
在家养病的日子并不太平,父亲对歌德的不满日益增长,并且常常很明显地表现出来。父亲总是埋怨歌德没有按照他的计划完成在莱比锡大学的学业,反而将精力放在一些乱七八糟的事情上,最后只能这样不体面地回到家里。歌德则对父亲这种暴君式的家教方式表达了不满,希望可以按照自己的意愿生活。父子之间的关系不断恶化,面对同样固执的两个人,母亲和妹妹只能旁观,完全无力改变这种家庭气氛。
歌德待在阁楼里养病,只要父亲不出现,他的生活还是安静惬意的。闲暇之时会看看书或是搞搞剧本创作,这种生活让他的身体状况逐渐有所好转。不过,祸不单行,歌德的身体状况刚有好转,他又患上了查不出原因的肠胃疾病,脖子上还长了一个瘤子,歌德的病痛逐渐加深了。
因为不堪忍受疾病的折磨,歌德甚至想到是不是自己的命数将尽,这种想法让他开始将精力转移到对宗教的思考上。歌德开始觉得,也许上帝在创造圣灵的同时也创造了魔鬼,而这个魔鬼就是反抗上帝的第一叛逆者,这种观点改变了歌德对普通人思想里上帝创世说的观点,转而倾向魔鬼创世说。
看着躺在病榻上辗转反侧的儿子,焦急的母亲为他请来了外科医生和内科医生。外科医生建议歌德通过手术将脖子上的瘤子去掉,认为这样是最直接的解决病痛的办法,但是对于肠胃疾病他暂时无计可施;内科医生则表示即便是病因不明,他也愿意提供一种自制的特效药粉帮助歌德祛除病痛。
在当时的法兰克福,医生是不允许私自制药的,不过既然歌德的病一直原因不明而不能痊愈,家人也就默许这种不合规则的方式。幸运的是,歌德在服用了那位内科医生研制的特效药粉之后,竟然真的渐渐摆脱了病痛。这位内科医生热衷于一种神秘的炼丹术,他总是向相信他的人推荐一本关于炼金术的书,并声称经过自己的钻研可以炼制各种具有奇效的药粉或丹丸。
歌德本来是不大相信炼丹术的,不过,一个人在不经意间在这方面给了他支持,这个人就是母亲的密友苏珊娜·冯·科勒敦贝格女士。歌德在家养病期间,这位慈祥和蔼的女士常常来看望他并跟他聊天。科勒敦贝格女士身上总是散发出一种诚挚、自然的气息,她十分健谈,也很有修养,最重要的是,她的爱好很怪,喜欢阅读与神秘事件相关的书籍。她将这种书籍拿给歌德看,这使歌德更加相信那位内科医生说过的“无稽之谈”。
歌德找来各种用于“炼丹”的工具,参照着科勒敦贝格女士提供的相关书籍,饶有兴趣地研究起了炼丹术。虽然最终歌德并没有炼出什么灵丹妙药,但是专注于一件事情使得他的精神状态大为改观,他对化学知识的了解也增加了不少。