店,田村卡夫卡的出逃生活看起来十分平静。然而平静的日子仅维持了一周,在第八天晚上,他的生活突然崩毁了。
从不明原因的昏厥中清醒过来时,卡夫卡正躺在一座神社的灌木丛中,脸色发青,脖颈带泥,白色T恤上沾着已经凝固的血块。惊恐至极的他走投无路,迫于无奈拨通了从背囊中找出的樱花的电话号码。
樱花暂时将卡夫卡带到了自己的公寓。勉强安定下来的卡夫卡,不得不向樱花坦白自己离家出走的事实,但究竟是如何晕倒在神社里的,他无论如何也弄不明白。
身上沾的血也令卡夫卡万分不安,因为那并非他自己受伤流的血。他担心自己是否在不觉间卷入了什么暴力案件,杀害了什么人。
第二天一早,卡夫卡留下感谢的字条,离开了樱花家。找不到落脚点的他只能又去了甲村图书馆。和大岛谈论文学的时候,卡夫卡不得不对其坦白自己找不到住处的现状,大岛沉思片刻,说:「既然如此,那就住在这里吧,当我的助手。」
但是这样的决定必须获得馆长佐伯的同意,于是大岛开车送卡夫卡去了自己和哥哥的临时住所——一间位于高知森林中的小屋。住所本身相当不错,唯独周围的原始森林过于危险。大岛再三叮嘱卡夫卡,不要前往森林深处。
在林中小屋度过了三天读书冥想的闲适生活后,大岛来接卡夫卡回高松。「事情办妥了」。他说,「我们决定欢迎你,你将成为甲村纪念图书馆的一员。」
回程的路上,大岛向卡夫卡讲述了佐伯的身世。出身不凡的佐伯,与图书馆的所有者,甲村家的长子是一对青梅竹马。十八岁时,佐伯的恋人去了东京读书。十九岁的时候,佐伯为恋人写了一首歌,名字叫《海边的卡夫卡》。
然而不幸的是,佐伯青梅竹马的恋人,在60年代末的日本学生运动中,被罢课的学生们意外打死了。从那以后,佐伯便离家出走,消失了整整25年。
不料多年之后,失踪许久的佐伯又回到了高松,出于和甲村家的关系,担任了甲村纪念图书馆的馆长。
作为助手的卡夫卡住进了图书馆的一间小房间。很快,T恤染血的谜团得到解惑,卡夫卡的父亲,雕塑家田村浩一,被人发现遇刺身亡。田村卡夫卡也被发现早已离家出走。虽说拥有不在场证明的他不至于被怀疑犯罪,但作为重要证人,警察开始调查他的行踪。
随着田村浩一遇刺一同出现的,还有两桩无比奇怪的事:东京中野区的商业街与东名高速富士川服务站,先后从天而降落下了活鱼和蚂蝗。
看完一系列新闻报道后,大岛对卡夫卡说,这似乎是某种隐喻。卡夫卡则向大岛讲述了几年前父亲对他说的话:「你迟早要用那双手杀死父亲,迟早要同母亲交合。」如今,这句诅咒似乎已应验了一半。
当天夜里,卡夫卡梦见了十五岁时的佐伯,她坐在房间里的椅子上,静静地注视着墙上的画,画中是一位坐在海边的少年。
第二天,卡夫卡向大岛要来了那首《海边的卡夫卡》的唱片,听这首歌的过程中,一个念头渐渐浮上卡夫卡的心头,「佐伯有可能就是我的母亲吗?」就在这样思来想去的过程中,他发现自己似乎爱上了十五岁的佐伯。仍记得父亲的诅咒的卡夫卡,决定去寻找事实的真相。
但是,更离奇的事情发生了。一天晚上,卡夫卡在梦中与十五岁的佐伯发生了关系。整个过程充满象征意味,卡夫卡被迫又无奈地践行了父亲的诅咒:杀死父亲,并同母亲交合。
第二天一早,卡夫卡前去找佐伯,当面提出他的猜测。佐伯并未正面回答他的问题,反而讲了房间中那幅画的来历。晚上九点,佐伯带卡夫卡去海边看了画上描绘的场所。当晚,真实的佐伯与真实的卡夫卡度过了缠绵的一晚,但悲哀的氛围却始终围绕着二人。
关于父亲遇刺的案件终于调查到了少年卡夫卡这里,虽有不在场证明,但他最终被警察怀疑是伙同作案。追随他失踪的脚步,警察来到了高松。大岛提前得到了消息,连忙给卡夫卡打去电话,匆匆收拾完毕后,大岛又将卡夫卡送去了高知森林中的小屋。
卡夫卡再次开始了山中生活。这一次,他决定只身前往森林深处。他一边回想自己「杀死父亲,与母亲交合」的诅咒,一边往森林的核心走去。突然,两名日本士兵出现在他的面前。
士兵们将卡夫卡带去一个如梦境一般僻静的村落,十五岁的佐伯竟然也在这里。这是一处没有记忆,没有欲望的场所,酷似《世界尽头与冷酷仙境》中的小镇,象征着卡夫卡少年的潜意识。在这里,卡夫卡爱恋着的十五岁的佐伯每日照顾他的起居,而他似乎也觉得这就是自己今后永远的生活了。
事情很快再次出现转折,年近五十的现实中的佐伯出现在卡夫卡眼前,「你还是要返回才行。」她说,于是,卡夫卡也问出了他最后的问题:「你是我的母亲吗?」佐伯回答:「答案你应该早已知晓。」
走出森林,大岛的哥哥在小屋迎接田村卡夫卡。回程的路上卡夫卡决定返回东京,面对他应该面对的一切。在奇数章叙述的卡